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    楊樹miRNA的靶基因預(yù)測(cè)及低氮脅迫表達(dá)分析

    霍曉薇; 徐千惠; 王延偉 林木分子設(shè)計(jì)育種高精尖創(chuàng)新中心; 林木育種國(guó)家工程實(shí)驗(yàn)室; 林木花卉遺傳育種教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室; 北京林業(yè)大學(xué)生物科學(xué)與技術(shù)學(xué)院; 北京100083
    • 毛白楊
    • 低氮脅迫
    • mirna
    • 靶基因
    • 差異表達(dá)

    摘要:【目的】鑒定楊樹受低氮脅迫后miRNA的靶基因,分析靶基因在氮脅迫后的差異表達(dá)并探討其功能,為揭示楊樹低氮脅迫下miRNA的調(diào)控功能提供參考,并為樹木低氮營(yíng)養(yǎng)高效利用育種提供重要的候選基因。【方法】根據(jù)miRNA的保守性及與靶基因的嚴(yán)謹(jǐn)互補(bǔ)配對(duì)關(guān)系,以楊樹miRNA為探針利用靶基因預(yù)測(cè)軟件psRNATarget,通過與毛白楊轉(zhuǎn)錄組的基因序列進(jìn)行比對(duì)鑒定靶基因,進(jìn)一步開展毛白楊受低氮脅迫后靶基因的差異表達(dá)分析及功能注釋。【結(jié)果】獲得了131個(gè)miRNA家族的242個(gè)miRNA成員對(duì)應(yīng)的3 024個(gè)靶基因,分別參與了植物激素信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)、次生代謝產(chǎn)物的生物合成、氨基酸合成代謝、碳代謝和RNA運(yùn)輸?shù)韧贰?7個(gè)靶基因在低氮脅迫處理后發(fā)生顯著變化,其中受到誘導(dǎo)(29個(gè))和抑制(28個(gè))的基因數(shù)目相當(dāng)。14個(gè)低氮脅迫響應(yīng)的miRNA,其對(duì)應(yīng)的11個(gè)靶基因也發(fā)生了顯著的差異表達(dá)變化,其中miRNA和靶基因表達(dá)量發(fā)生相反變化的有8個(gè)miRNA。本研究發(fā)現(xiàn)參與植物激素信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)的靶基因(2個(gè))及參與代謝途徑的靶基因(6個(gè))發(fā)生了差異表達(dá)。miR162的靶基因編碼ABC轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白,miR393運(yùn)用于靶基因KAT2調(diào)節(jié)Na+和K+動(dòng)態(tài)平衡,miR399的靶基因PIF3編碼光敏色素互作因子PIFs蛋白,這些miRNA及靶基因可能在楊樹響應(yīng)低氮脅迫中發(fā)揮重要作用。【結(jié)論】本文鑒定到了毛白楊中一批低氮脅迫響應(yīng)miRNA的靶基因,可調(diào)控楊樹對(duì)氮逆境脅迫信號(hào)的反應(yīng)。這些miRNA及靶基因?yàn)檫M(jìn)一步揭示miRNA及靶基因在低氮脅迫下的調(diào)控功能提供了研究線索,為樹木氮營(yíng)養(yǎng)的高效利用改良提供了重要候選基因。

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