基于石榴全基因組序列的SSR標記開發及鑒定

摘要：【目的】利用cDNA文庫篩選的石榴SSR多態性標記數量有限,為進一步推動石榴遺傳多樣性分析、遺傳圖譜構建、品種鑒定等研究,有必要系統開發高效穩定的分子標記位點。【方法】本研究根據已發表的石榴基因組測序數據利用MISA軟件對1~6核苷酸重復的SSR位點進行了查找,分析了不同類型SSR位點的序列特征,進而設計引物并檢測了引物的有效性和多態性。【結果】(1)石榴基因組中共檢測到146 445個SSR位點,其中以單核苷酸重復型SSR最多(占51.95%),六核苷酸重復型最少(僅占0.38%);SSR序列以A/T堿基占主導,具有偏向性。(2)石榴基因組SSR序列長度變化范圍為10~252 bp,平均長度15.48 bp。不同長度重復單元類型的SSR序列長度存在豐富變異,呈現隨著重復次數增多,SSR序列豐度減少的趨勢。(3)根據不同類型SSR位點設計并合成引物140對,其中119對在12份石榴種質中可擴增出有效條帶,41對可產生多態性條帶,PIC值在0.007~0.566之間;從中篩選出多態性較高、穩定性好的引物15對,共檢測到等位基因44個,平均每個SSR位點檢測到2.933 3個等位基因。【結論】利用石榴全基因組序列可實現SSR標記的大規模開發,并可鑒定出大量適用于石榴遺傳多樣性分析、遺傳圖譜構建、品種鑒定等研究的SSR引物。相關研究為石榴的遺傳育種研究提供了豐富的SSR序列信息和標記資源。