半乳糖凝集素-3在骨關節炎中作用的生物信息學分析

摘要：目的:利用生物信息學方法分析半乳糖凝集素-3(gal-3)在骨關節炎中的作用機制。方法:從GEO數據庫中下載經gal-3處理的骨關節炎軟骨細胞芯片,尋找芯片表達譜的差異基因并對其進行GO功能富集分析、KEGG通路富集分析以及疾病富集分析。此外,利用STRING數據庫和Cytoscape軟件構建差異基因蛋白互作網絡,尋找網絡結構中的核心基因。結果:共篩選出474個差異基因,其中包含246個上調的基因與228個下調的基因。GO富集分析結果表明,差異基因主要富集的生物學過程有骨髓白細胞遷移、白細胞趨化等;主要富集的細胞組分有細胞外基質、蛋白質細胞外基質等;主要富集的分子功能有細胞因子活性、趨化因子活性等。KEGG通路富集分析結果發現,差異基因主要涉及的通路有腫瘤壞死因子信號通路、白細胞介素-17信號通路等。疾病富集分析結果提示,差異基因主要富集的疾病有關節病、肺疾病、萊姆關節炎等。差異基因蛋白互作網絡在Cytoscape軟件共找出10個核心基因。結論:骨關節炎軟骨細胞在gal-3作用下,可能通過上調白細胞介素-6等相關基因的表達在骨關節炎的進展中發揮重要作用。