雜交石斑魚和母本褐點石斑魚轉(zhuǎn)錄組測序及差異表達基因分析

摘要：【目的】篩選褐點石斑魚(Epinephelus fuscoguttatus)及其雜交子一代(E. fuscoguttatus♀×E. polyphekadion♂,F1)的差異表達基因,探討褐點石斑魚及F1代之間的生長差異性。【方法】采用Illumina HiSeq 2000測序平臺對同齡的褐點石斑魚及其雜交F1的腦、肝臟和肌肉組織進行轉(zhuǎn)錄組測序,通過edgeR軟件包篩選差異表達基因,并對差異表達基因進行GO(Gene Ontology)功能注釋和KOG注釋,最后通過實時熒光定量PCR驗證轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。【結(jié)果】測序的原始數(shù)據(jù)經(jīng)過質(zhì)量控制和組裝共得到54 610條unigenes。組裝的unigenes共有28 832條unigenes得到注釋,共獲得20234條差異表達基因,其中有10218條上調(diào),10016條下調(diào)。GO功能注釋顯示共34061條unigenes聚類到涉及生物過程、分子功能和細胞組分的53個功能類別,其中被較多基因聚類到的功能類別為細胞過程、結(jié)合、單一生物過程、代謝過程和催化活性等。KOG注釋發(fā)現(xiàn),42 753 unigenes被注釋到25個功能類別中,其中較多涉及信號轉(zhuǎn)導機制、基因功能預測、翻譯后修飾,蛋白質(zhì)周轉(zhuǎn)和分子伴侶、轉(zhuǎn)錄等。進一步篩選到一批和生長相關(guān)的差異表達基因,如GH、GHRH、PRL、SLP、AVTp等,這些差異表達基因在F1中的表達水平均高于其親本褐點石斑魚,與雜交F1相較于褐點石斑魚生長快速的性狀相符。【結(jié)論】研究完成了對褐點石斑魚及其雜交F1的轉(zhuǎn)錄組測序、組裝,獲得了測序數(shù)據(jù)在不同數(shù)據(jù)庫的功能注釋信息,同時篩選了一批生長相關(guān)差異表達基因,這些基因在F1中的表達水平均高于其親本褐點石斑魚,與現(xiàn)實生長性狀相符。