摘要：目的：分析肝細胞癌組織與配對癌旁組織中表達差異的長鏈非編碼RNA（lncRNA）,探討可能與肝細胞癌發生發展有關的特異lncRNA。方法：采用lncRNA芯片技術,檢測5例肝細胞癌和其配對癌旁正常組織中的lncRNA和mRNA,篩選出差異表達的lncRNA和mRNA。運用分層聚類分析,GO分析和pathway分析等生物信息學技術對其進行分類。最后從中選擇10個lncRNA用RT-PCR進行定量驗證。結果：有1 359個lncRNA表達水平出現顯著性差異,差異倍數〉2倍。629個顯著上調,占46.2%,其中125個表達5倍以上;730個顯著下調,占53.7%,其中110個表達5倍以上。聚類分析結果：（1）基因間lncRNA有11 706條,其中與已知編碼基因相距〈300 kb的lncRNA共有352條。（2）增強子型lncRNA共有1 802條,其中與已知編碼基因相距〈300 kb的lncRNA共有42條。（3）HOX基因簇共有101條。GO分析將mRNA分成分子功能、生物過程和細胞組分3類。Pathway分析結果：差異表達的mRNA基因所參與的細胞生命活動調控通路共有61條,上調表達的mRNA參與12條通路,下調表達的mRNA參與49條通路。參與細胞周期和化學致癌作用的表達水平明顯改變。RT-PCR結果：8條lncRNA表達趨勢與基因芯片結果一致。對癌組和癌旁組進行檢驗,有6條有顯著性差異（P〈0.05）。結論：與癌旁組織比較,lncRNA肝細胞癌組織中的表達水平明顯改變,可能與肝細胞癌的發生發展有關。