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    四倍體棉花GAE基因家族的鑒定及其在棉纖維發(fā)育中的表達(dá)分析

    張松雨; 王敬敬; 劉正文; 張艷; 楊君; 馬峙英; 王省芬 河北農(nóng)業(yè)大學(xué)/教育部華北作物種質(zhì)資源重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室/河北省作物種質(zhì)資源重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室; 河北保定071001
    • 陸地棉
    • 海島棉
    • 葡糖醛酸異構(gòu)酶
    • 生物信息學(xué)
    • 纖維發(fā)育

    摘要:【目的】通過(guò)對(duì)陸地棉及海島棉GAE基因家族進(jìn)行全基因組分析,為深入研究GAE基因家族在棉纖維發(fā)育中的功能提供理論依據(jù)。【方法】利用生物信息學(xué)分析軟件,對(duì)GAE基因家族進(jìn)行全基因組鑒定,根據(jù)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析在纖維發(fā)育過(guò)程中的表達(dá)規(guī)律。【結(jié)果】陸地棉GhGAE家族包含21個(gè)成員,海島棉GbGAE家族有22個(gè)成員,分為3個(gè)亞組,多數(shù)Gh GAEs和Gb GAEs基因沒有內(nèi)含子,共分布在12條染色體上。GAE氨基酸序列保守基序有4個(gè),保守性較強(qiáng),且GAE蛋白均定位于高爾基體膜。根據(jù)GAEs在陸地棉、海島棉纖維發(fā)育不同時(shí)期的表達(dá)變化,將其分為纖維起始期高表達(dá)、纖維伸長(zhǎng)期高表達(dá)、次生壁增厚期高表達(dá)、全時(shí)期低表達(dá)4類模式。其中GhGAE01、GhGAE02、Gh GAE11、Gh GAE12在陸地棉中高水平表達(dá),GbGAE01、Gb GAE02、GbGAE11、Gb GAE12在海島棉中高水平表達(dá),推測(cè)這些基因可能在纖維發(fā)育過(guò)程中發(fā)揮著重要作用。【結(jié)論】上述結(jié)果為研究GAE基因家族在棉纖維發(fā)育中的功能提供了參考依據(jù)。

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