通過生物信息學方法構建調控網絡篩選前列腺癌關鍵基因

摘要：目的利用生物信息學方法揭示和研究與前列腺癌(PCa)相關的分子機制中潛在功能基因。方法從GEO數據庫的GSE64318和GSE46602數據集獲得原始基因表達譜,使用以R軟件limma包為基礎在線工具GEO2R對兩組基因表達進行差異分析。通過預測差異表達的miRNA,mRNA和lncRNA之間的相互作用及作用靶基因,構建mRNA-miRNA-lncRNA相互作用網絡。對差異表達的miRNA和miRNA的靶基因進行GO分析和KEGG通路富集分析并構建蛋白質互作網絡。結果研究結果表明60個miRNAs、1 578個mRNAs和61個lncRNAs在PCa中有差異表達。mRNA-miRNA-lncRNA網絡由5個miRNA、13個lncRNA和45個mRNA組成。差異表達基因主要富集于細胞核和細胞質,參與調控轉錄,與序列特異性DNA結合相關,并且參與調控PI3K-Akt信號通路,這些通路與癌癥和局灶性粘連信號通路有關。此外,6個mRNA(EGFR、VEGFA、PIK3R1、DLG4、TGFBR1和KIT)在相互作用網絡中發揮著重要的調控作用。結論通過建立和分析前列腺癌調控網絡,為進一步研究前列腺癌的發生過程及其發展提供了有價值的線索。