樹鼩Mfsd2a基因的克隆分析和不同組織表達(dá)量的檢測

摘要：目的對樹鼩主要促進(jìn)因子超家族成員2a(Mfsd2a)基因進(jìn)行克隆、測序和生物信息學(xué)分析,并定量檢測其組織表達(dá)量。方法從樹鼩腦和脊髓中提取總RNA,RT-PCR擴(kuò)增Mfsd2a基因片段,測序后利用生物信息學(xué)軟件對其序列特征、系統(tǒng)進(jìn)化、編碼蛋白的結(jié)構(gòu)和理化性質(zhì)進(jìn)行分析;以樹鼩β-actin為內(nèi)參,qPCR檢測樹鼩Mfsd2a基因在不同組織中的表達(dá)情況。結(jié)果克隆獲得Mfsd2a基因片段全長1 796 bp,與NCBI上公布的樹鼩Mfsd2a基因預(yù)測序列高度一致,比對顯示其與MFS轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白超家族同源。其編碼區(qū)全長1 464 bp,編碼488個氨基酸。預(yù)測結(jié)果顯示樹鼩Mfsd2a蛋白具有明顯的疏水性區(qū)域,無信號肽,二級結(jié)構(gòu)元件由α螺旋、β折疊、無規(guī)卷曲和延伸鏈組成。OCTOPUS分析發(fā)現(xiàn)Mfsd2a存在12個跨膜結(jié)構(gòu),修飾結(jié)構(gòu)預(yù)測發(fā)現(xiàn)Mfsd2a蛋白存在兩處N糖基化位點,亞細(xì)胞定位發(fā)現(xiàn)其可能主要分布于細(xì)胞膜和內(nèi)質(zhì)網(wǎng)。qPCR檢測樹鼩不同組織的Mfsd2a表達(dá),結(jié)果顯示各組織均有表達(dá),在大腦、脊髓中的表達(dá)水平相對較高。結(jié)論成功克隆了樹鼩Mfsd2a基因,建立了該基因表達(dá)定量檢測方法,為今后利用樹鼩神經(jīng)系統(tǒng)疾病模型深入開展Mfsd2a基因功能研究提供了理論和技術(shù)支持。