苦蕎GIS基因家族生物信息學分析

摘要：[目的]對苦蕎GIS基因家族進行系統分析,為該基因家族的進一步功能研究奠定了基礎。[方法]本研究利用苦蕎全基因組數據,運用BLAST對比,結合SMART和Pfam分析,對苦蕎GIS基因家族進行分析。[結果]從苦蕎全基因組數據中,共挖掘得到了10個GIS家族基因FtZFP1~FtZFP10;編碼氨基酸數目為115~270個,等電點為5.77~9.22,整體表現為疏水性不穩定蛋白;二級結構元件以無規則卷曲為主。10個FtZFP均含有一個保守的C2H2鋅指結構,多位于肽鏈的N端,在數量和分布上均具有一致性;除FtZFP1和FtZFP4外,均含有植物特有的QALGGH結構。在鹽脅迫下,FtZFP8表現為上調表達;在鋁脅迫,FtZFP7表現為上調表達。[結論]本研究通過苦蕎全基因組數據分析,挖掘得到10個GIS基因家族成員,系統分析了其染色體定位和基因結構、蛋白保守區域和系統進化,以及逆境下表達情況,為進一步揭示苦蕎C2H2鋅指蛋白基因在表皮毛發育調控中功能以及苦蕎高海拔耐逆性奠定了理論基礎。