雉雞SSR分子標(biāo)記開(kāi)發(fā)

摘要：目的進(jìn)行雉雞SSR分子標(biāo)記的開(kāi)發(fā)。方法在雉雞分子標(biāo)記未知的情況下,采用454測(cè)序平臺(tái)結(jié)合SSR富集文庫(kù)測(cè)序的高通量測(cè)序方法進(jìn)行雉雞SSR分子標(biāo)記的開(kāi)發(fā),對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行分析與篩選。結(jié)果獲得如下結(jié)果:①原始數(shù)據(jù)經(jīng)質(zhì)量過(guò)濾后的總reads數(shù)為289008條,總堿基數(shù)為109667298個(gè),含有SSR位點(diǎn)的序列數(shù)為48168條;②單核苷酸重復(fù)SSR到六核苷酸重復(fù)SSR在雉雞基因組中均有分布。其中單核苷酸重復(fù)SSR數(shù)目最多,達(dá)25648個(gè),占SSR位點(diǎn)總數(shù)的39.33%;雙核苷酸和三核苷酸SSR數(shù)量亦較豐富,分別為19618和9299個(gè),占SSR位點(diǎn)總數(shù)的30.08%和14.26%;而四核苷酸至六核苷酸重復(fù)SSR數(shù)目較少,三者的總和為10651個(gè),其中六核苷酸重復(fù)序列最少,僅為603個(gè)。結(jié)論通過(guò)雉雞SSR分子標(biāo)記數(shù)據(jù)庫(kù)的構(gòu)建,為雉雞種質(zhì)資源遺傳多樣性分析、分子標(biāo)記輔助育種、遺傳圖譜構(gòu)建和功能基因的挖掘等提供了有利工具。