DHPLC和PCR-SSCP兩種方法篩查基因變異的比較

摘要：SNP(Single nucleotide polymorphism)被認為是揭示遺傳變異最理想的遺傳標記,廣泛應用于疾病相關的基因篩查、動植物經濟性狀遺傳標記、群體遺傳進化等。目前,篩查SNP的方法很多,文章旨在比較DHPLC(Denaturing high performance liquid chromatography)和PCR-SSCP(Polymerase chain reaction-single stranded conformational polymorphism)兩種方法在篩查同一基因片段變異的效果,為篩查基因突變的方法提供選擇依據。以綿羊孕酮受體基因(PGR)第4外顯子為突變篩查對象,以DHPLC和PCR-SSCP兩種方法篩查基因變異,以直接測序作為標準,對比分析兩種方法在檢出率、準確率、經濟性和自動化程度等方面的優劣。結果表明:在對391份藏綿羊血液樣品的PGR基因進行分析后,SSCP法檢出率100%,而DHPLC法檢出率僅83.63%;DHPLC法準確率97.25%,高于SSCP法的94.37%;同時操作性和自動化方面DHPLC法要優于SSCP法,但其檢測成本比SSCP法高20倍左右;SSCP法應用的廣泛性比DHPLC高許多,其中在畜牧和動物醫學這兩門學科中應用最多,而DHPLC法在人類醫學研究中的應用較多。結論:DHPLC法適合運用于基因突變率低和已完全測出基因序列的物種,具有準確率高、操作簡單和自動化程度高等優點;SSCP法對基因序列是否已知及突變率高低無要求,具有檢出率高、成本低等優點,此法在動物育種領域中應用更為廣泛。