玉米矮花葉病毒分離物基因組克隆及多樣性分析

摘要：玉米是重要的糧食和經(jīng)濟(jì)作物,在國民經(jīng)濟(jì)中占有重要地位。玉米矮花葉病毒(Sugercan mosaic virus,SCMV)廣泛分布在世界各玉米主產(chǎn)區(qū),嚴(yán)重威脅玉米的安全生產(chǎn)。系統(tǒng)研究SCMV的發(fā)生危害、遺傳結(jié)構(gòu)與進(jìn)化機(jī)制,對病毒病的防治具有重要意義。從山西省4個(gè)玉米主產(chǎn)區(qū)采集122個(gè)玉米葉片樣品(2015年62份,2016年60份)。經(jīng)RT-PCR檢測證實(shí)36個(gè)樣品(2015年20個(gè)樣品,2016年16個(gè)樣品)為SCMV陽性,且廣泛分布于山西省玉米各個(gè)產(chǎn)區(qū)。從這些陽性樣品中分離、測序、克隆得到了一個(gè)新的SCMV分離物,該分離物(包括5’-UTR和3’-UTR端)基因組全長9 539 bp,編碼3 063個(gè)氨基酸。該分離物與26個(gè)SCMV分離物(NCBI)進(jìn)行一致率、系統(tǒng)發(fā)育分析表明SCMV存在較大遺傳變異,27個(gè)分離物被劃分為3個(gè)與地理位置無明顯相關(guān)性的不同進(jìn)化群體。選擇壓力分析表明,負(fù)向選擇可能是SCMV遺傳變異的原因之一。對變異位點(diǎn)統(tǒng)計(jì)分析發(fā)現(xiàn),該結(jié)果將為評估SCMV在中國的流行病學(xué)特征奠定基礎(chǔ),有助于SCMV的長期可持續(xù)防控策略的制定。