千里光莖和葉的差異表達基因分析

摘要：以千里光(Senecio scandens Buch.-Ham.ex D.Don)強抗菌性植株SC-32為研究對象,分別提取其莖和葉的總RNA,經質量檢測合格后構建cDNA文庫,利用Illumina HiSeqTM 2500高通量測序平臺對千里光莖和葉的cDNA文庫進行轉錄組測序,篩選差異表達基因,并運用Nr、Swiss-Prot、KEGG和COG數據庫對差異表達基因進行功能分析。結果表明:從千里光莖和葉的cDNA文庫中分別獲得26 147 016和26 996 119個clean reads,Q30值分別為95.17%和94.74%,說明其轉錄組測序結果良好。從千里光的莖和葉中共篩選到10 991個差異表達基因,以莖中差異表達基因的表達量為準,葉中上調的差異表達基因有5 542個,下調的差異表達基因有5 449個。千里光的莖和葉中共有7 683個差異表達基因被GO功能注釋成生物過程、細胞組分和分子功能3個大類53個亞類,且這些差異表達基因與信號傳導途徑、次生代謝過程、細胞組分合成和酶催化活性等密切相關。KEGG代謝通路分析結果表明:共有4 527個差異表達基因,涉及50個代謝通路,主要參與碳代謝、氨基酸生物合成及淀粉和蔗糖代謝。研究結果顯示:千里光莖和葉的差異表達基因具有器官特異性,并且,其莖和葉的分化和形成與多糖和蛋白質累積密切相關。